Hrdina majstrovstiev Európy sa potom plný sebadôvery vrátil do Milána. Na konci roku 1988 bol vymenovaný najlepším futbalistom Európy. V AC pokračoval v kvalitných výkonoch a počas sezóny strelil v Sérii A celkovo 19 gólov. So svojim klubom sa mu podarilo prebojovať až do finále Pohára európskych majstrov. Rozhodujúci zápas sa nakoniec uskutočnil na barcelonskom Nou Campe – AC Miláno vtedy zvíťazilo nad Steauou Bukurešť 4:0! Dva góly strelil Marco van Basten, dva pridal aj Ruud Gullit.
O rok neskôr (1989/90) si Marco zopakoval 19-gólový úspech v talianskej lige a stal sa Capocannonierom. Okrem vynikajúcich výkonov na talianskej pôde sa Van Basten vo výbornej forme prezentoval aj v ďalšom vydaní Pohára európskych majstrov. Jeho AC v tomto najprestížnejšom európskom pohári dominoval druhýkrát za sebou – tentoraz sa hralo finále vo Viedni a o výhru 1:0 nad Benficou Lisabon sa postaral Frank Rijkaard.
Marco si svojimi výkonmi opätovne vypýtal pozvánku do reprezentácie – nasledovali Majstrovstvá sveta 1990 v Taliansku. Oranjes ale tentoraz dieru do sveta neurobili a vypadli po prehre 1:2 s Klinsmannovým Nemeckom.
Do sezóny 1990/91 vstupovalo Miláno s jasným cieľom – získať tretí titul v Pohári európskych majstrov v rade. Vo štvrťfinále narazilo na francúzsky Olympique Marseille. Prvý zápas odohralo AC doma a prehralo v ňom 0:1. V Marseillskej odvete bol priebežný stav 1:1, keď na francúzskom štadióne vypadlo osvetlenie. Milánsky viceprezident Galliani sa rozhodol, že svoj tím stiahne z ihriska – v zápase už vraj pokračovať nebude. Asi veril, že UEFA zápas skontumuje v jeho prospech a pomôže mu k postupu. No stalo sa niečo iné – výsledok ostal v platnosti a AC Miláno dostalo ročný zákaz účinkovania v európskych pohároch. Víťazom spomínaného ročníka PEM sa nakoniec stal juhoslovanský klub Crvena Zvezda Belehrad, ktorý si vo finále poradil s Olympique Marseille 5:3 na penalty.
Marco Van Basten strelil v tejto sezóne 11 gólov v Serii A, no na domáci titul to nestačilo – prekvapujúco sa radovala Sampdoria. Miláno ostalo kvôli trestu v najbližšom ročníku bez európskeho pohára a plne sa teda sústredilo na úspech na domácej scéne. AC v lige neprehralo ani raz a aj vďaka 25 gólom svojho elitného strelca získalo titul. Najzaujímavejší zápas odohrali červenočierni na pôde Cagliari, kde po prvom polčase prehrávali 0:1. Cez prestávku sa tréner Fabio Capello porozprával s Marcom van Bastenom – nikto nevie o čom, no pomohlo to. Po návrate na trávnik Capello prstami ukazoval číslo 3 – ľudia vôbec nechápali o čo mu ide. Čoskoro im to ale došlo, pretože Marco van Basten zaznamenal v priebehu osemnástich minút hetrik a rozhodol o výsledku stretnutia!
V roku 1992 sa konali Majstrovstvá Európy vo futbale vo Švédsku. Holandsko aj s Van Bastenom najskôr vyhralo základnú skupinu a spolu s Nemeckom postúpilo do semifinále. V ňom naň čakalo veľké prekvapenie – mužstvo Dánska. V riadnom hracom čase ani v predĺžení sa o víťazovi nerozhodlo, zápas skončil 2:2. Na rad prišli penalty a v nich tradične zlyhala najväčšia hviezda – Marco van Basten. Tento šampionát bol pre hviezdneho útočníka posledným veľkým medzinárodným vrcholom.
Na začiatku sezóny 1992/93 bol Marco naďalej prvotriednym futbalistom. V jesennej časti nastrieľal v Serii A trinásť gólov, štyri presné zásahy zaznamenal proti Neapolu – AC vyhralo 5:1. Darilo sa mu aj v Lige majstrov, kde strelil štyri góly Goteborgu (4:0)! Krátko na to bol vyhlásený najlepším európskym futbalistom roka. AC Miláno nakoniec získalo domáci titul a dosiahlo aj rekordnú sériu neporaziteľnosti, ktorá sa zastavila na počte 58 zápasov.
Zaujímavou hrou osudu bol fakt, že Marco strelil prvý aj posledný gól svojho talianskeho pôsobenia jednému brankárovi – ten sa volal Nista. Najviac gólov nastrieľal brankárovi menom Ferron.
Van Bastenov výborný štart do spomínanej sezóny (92/93) bol nakoniec zabrzdený obnovením zranenia členka, ktoré onedlho definitívne ukončilo jeho kariéru. Na začiatku roka 1993 bol Marco operovaný už štvrtý krát. Lekári AC Milána s operáciou nesúhlasili, pretože vedeli, že každý ďalší zásah na citlivé miesto môže byť extrémne nebezpečný.
Marcov doktor René Marti povedal: „Marco hral futbal vždy ako balerína, no jeho členok vôbec nezvládal námahu.“
Van Basten sa počas svojej kariéry zasadzoval o prečistenie hry, nemal rád tvrdosť a nedovolené zákroky. Navrhol zavedenie „basketbalového“ pravidla – hráčom by sa počítali fauly a po piatich nečistých zákrokoch by boli z hry vylúčení!
„Som presvedčený, že žlté a červené karty nestačia! Obrancovia sú niekedy mimoriadne zákerní, hnusí sa mi to množstvo faulov,“ povedal Marco van Basten, ktorý o pár rokov neskôr uviedol príčinu svojich zdravotných problémov na pravú mieru: „Najfrustrujúcejšie pre mňa nie je to, že mám zranený členok – ale to, že mi toto zranenie zavinili doktori. Môj členok nezničil žiaden hráč, ale chirurg!“
Počas zvyšku sezóny sa Marco ešte predsa len objavil v zostave AC Milána – no odohral už iba zopár zápasov. Posledným vrcholom jeho pôsobenia v Taliansku bolo finále Ligy majstrov 1992/93, v ktorom nastúpilo AC proti Marseille. Milánčania už ale pôsobili unaveným dojmom a prehrali 0:1. Marco sa napriek tomu prezentoval dobrým výkonom a pre svojich spoluhráčov Daniele Massara a Jean-Pierre Papina pripravil niekoľko výborných príležitostí. Tento zápas bol jeho posledným v drese AC Milána.
Miláno nastúpilo 18. augusta 1995 proti Juventusu – uskutočnil sa súboj o trofej Luigiho Berlusconiho. Tento klasický letný zápas využil Marco van Basten na definitívne ukončenie svojej kariéry. Na najlepšieho európskeho strelca posledných dvadsiatich rokov sa prišlo na San Siro pozrieť 85 000 divákov. Marcovi sa ušlo standing ovations. Krátko na to Adriano Galliani povedal: „Futbal prišiel o svojho Leonarda da Vinciho.“
Van Basten odohral v Miláne šesť sezón a talianskemu klubu výraznou mierou pomohol k návratu medzi absolútnu futbalovú špičku. AC sa dostalo z tieňa konkurenčného Interu a vytvorilo si solídnu bázu pre budúce úspechy.
Marco odohral v Serii A 147 zápasov a strelil 90 gólov! Trikrát sa tešil z titulu majstrov Talianska, dvakrát zvíťazil v Lige majstrov, dvakrát vyhral Kontinentálny pohár, dvakrát získal aj európsky Superpohár. Okrem toho bol trikrát vyhlásený za najlepšieho hráča Európy, dvakrát za najlepšieho hráča na svete a raz sa stal futbalistom roka podľa FIFA. Dvakrát sa stal najlepším strelcom série A a pri realizácii pokutových kopov mal neuveriteľnú úspešnosť – 92,3%!
Van Basten sa stal legendou futbalu. Veľká škoda, že jeho výborne rozbehnutú kariéru predčasne ukončilo nepríjemné zranenie členka. Marco prehral boj s najťažším súperom – so svojim vlastným telom.
Holandská hviezda dnes žije s manželkou Elisabeth (vzali sa v roku 1992) a so svojimi troma deťmi (Alexander, Angelica a Rebecca) na dvoch miestach – v rodisku Elisabeth Badhoevedorpe a v Monaku. Marco sa vo voľnom čase venuje hlavne golfu a rovnako je veľkým fanúšikom tenisu. Stále vyhlasoval, že radšej sa bude venovať celý život týmto hobby, akoby mal nastúpiť na trénerskú dráhu. Hovoril, že tie stresy mu nechýbajú – no nakoniec to aj tak dopadlo úplne inak...
V sezóne 2003/2004 začal robiť asistenta Johnovi van´t Schipovi v rezerve Ajaxu. 29. júla 2004 bol vymenovaný za trénera holandskej reprezentácie, s ktorou si stanovil jasný cieľ – postup na MS 2006 do Nemecka. Zaujímavé je, že za asistenta si vybral práve Van´t Schipa.
Marco van Basten prevzal pochodeň najväčšej futbalovej hviezdy svojho obdobia. Pred ním boli podobne unikátni hráči napríklad Maradona, Cruyff, Pelé, Puskás, Di Stefano... Marco sa teda dostal do hviezdnej spoločnosti.
Marco van Basten bol unikátny vo viacerých oblastiach – hlavne bol mimoriadne univerzálny a jeho hra nemala výrazné slabiny. Dokázal skórovať oboma nohami, bol skvelý v hre hlavou a počas zápasov mal neskutočný prehľad – jeho dirigentské schopnosti by sa dali prirovnať k Ruiovi Costovi alebo Giannimu Riverovi.
Spoločne s Francom Baresim a Giannim Riverom sa stal najmilovanejším hráčom histórie milánskeho AC. Zbytočne veľa nerozprával, nechával za seba hovoriť pekné akcie a góly – slová boli druhoradé.
Jeden z najuznávanejších talianskych novinárov Gianni Brera raz napísal: „Božský Van Basten!“ A treba uznať, že toto slovné spojenie bolo v Marcovom prípade skutočne na mieste.